一般相信現在的帛琉人是來自印尼，並逐漸與馬來人，美拉尼西亞人，菲律賓人，及坡里尼西亞人混合。
十九世紀西班牙人佔據帛琉，帶來文字，並中止了帛琉的部落戰爭。1899美西戰爭後，西班牙人將帛琉賣給德國，德國人為了海上行船捷徑，在珊瑚礁裡用炸藥炸出一條水道，也就是現稱的"德國水道"，德國人在帛琉發展椰子種植及磷酸鹽開採，但是都是徵召原住民進行勞動，在德國人統治期間，德國人還成功地撲滅一些傳染病，這些傳染病在120年內讓帛琉的人口從四萬降到四千，德國人還對原住民的文化進行了干涉。
1914第一次世界大戰時，日本與英國達成秘密協議，同年進攻並佔領德屬帛琉。1920年由當時的國際連盟正式將帛琉交給日本管理。
1922年的帛琉的科洛市成了日本在密克羅尼西亞的行政中心，並有將近至少26000名日僑在帛琉，當時的柯洛市是座熱鬧的城市，有工廠，商店，大眾澡堂，餐廳， 藥局等等，日本在帛琉不但發展經濟，還建立公共學校及職業學校，公共學校只給日本小孩唸，而職業學校是給帛琉原住民小孩唸，教的多半是日文及生活實用學科。日本對帛琉的經營不但將帛琉的經濟從小規模經濟提升到市場經濟， 更使得更多的帛琉個人而非只有大家族能夠擁有財產。
1944年美軍攻下帛琉，1947年由聯合國將帛琉交給美國託管。1996-2000年中村連任總統， 並在1999年以經濟援助的交換條件之下，與台灣建交，中村在2000年任滿下台。1999年12月30日正式成為中華民國第29個邦交國。
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