最早期的帛琉人可能來自波里尼西亞和亞洲。從該地各家族的起源傳說可以看出,帛琉人可能混雜了美拉尼西亞、密克羅尼西亞和波里尼西亞的人種。因此帛琉人在嚴謹的定義上,並非歸屬於密克羅尼西亞人。
這個島群早期被認為是「黑色群島」,在澳洲在線圖書館中可以找到早期的地圖和村落的描繪,也可以找到早期科羅州大酋長Ibedul有著紋身和耳洞裝飾的照片。
近年的研究中,從碳十四的定年結果和出土的考古證據,把這個島群的歷史帶到了新的面向。在島上發現的墓葬遺址顯示,帛琉應該是整個大洋洲最早具有喪葬儀式的地方。但是對於帛琉人何時定居在此有兩種說法,一個說法是公元前2500年,另一個則是公元前1000年。在爪哇,這個遠古時期跟帛琉有貿易往來關係的地區,曾經發現了佛羅勒斯人(Homo floresiensis或Flores
Man)。2007年,有考古學者在帛琉的洛克群島發現了疑似佛羅勒斯人的矮小體型的人骨遺留[3]。這個發現可能會推翻以往的假設,但是目前這個研究發現仍有爭議。
幾千年來,帛琉有著發達的母系社會,一般認為是從爪哇遷移來的族群所帶來的制度。傳統上,土地、貨幣、跟頭銜都由母系傳承。氏族所有地,由女性的族長掌管並傳給第一個女兒。但是當代也有實行父系傳承製度,這是在日本殖民帛琉時所傳入該社會。在二次大戰期間,日本政府試圖把土地重新分配,轉為個人所有權,並且也意圖革除舊有的制度。現在這些法律的衝突仍在許多家族中上演。